Préchauffer le four à 180°C. Bien laver l'épeautre et le faire cuire en suivant les instructions du conditionnement. Laver les courgettes et les ébouillanter en eau salée pendant 10 minutes.
Égoutter l'épeautre, le rincer à l'eau froide pour arrêter la cuisson et le passer dans un bol. Ajouter le pesto, la scamorza en cubes et le jambon cuit.
Vider les courgettes et les farcir avec l'épeautre. Les placer sur un plat à four couvert de papier cuisson, compléter avec un fil d'huile et faire cuire au four chaud pendant à peu près 20 minutes.
Retirer du four et servir tout de suite.